La nueva versión del cliente Nextcloud para Android y pronto el resto de clientes incorporan encriptación desde el cliente al servidor, brindando la posibilidad al usuario de establecer que carpetas locales estarán encriptadas y el server no podrá gestionar dichos ficheros.
Más en el blog de Nextcloud https://nextcloud.com/blog/production-ready-end-to-end-encryption-and-new-user-interface-arrive-with-nextcloud-desktop-client-3-0/